Charlotte Møller tog eksamen med højeste karakter på orgel og klaver fra DKDM i København og tog derefter til Toulouse i Frankrig, hvor hun fik juryens højeste udmærkelse, Premier Prix á l’unanimité for sin solistdebut på orgel. Det var under sit franske ophold at Charlotte kastede sin kærlighed på det historiske klaver, fortepianoet.
I 2007 blev hun Master i Tidlig Musik fra DKDM som studerende hos Tuija Hakkila fra Sibelius Akademiet. Charlotte Møller arbejder i dag som organist i Allerød og videreuddanner sig privat hos Malcolm Bilson ved Cornell University, NY.
Desuden er hun uhyre aktiv som kammermusiker i bl.a. ensemblet Haydn Delight, som solist både med orgel og fortepiano, som akkompagnatør og continuospiller i forskellige sammenhænge.